大腸桿菌表達系統是目前應用*泛地蛋白表達系統。它具有：遺傳背景清楚；易于培養和控制；轉化操作簡單；表達水平高；成本低；周期短等特點。同時是常用也是經濟實惠的蛋白表達系統，在基因表達技術中發展最早。

主要可能有兩種原因，一種是大腸在加入IPTG等誘導劑后大腸停止生長或者裂解，這時候我們要考慮蛋白本身對該菌是有一定毒性的，這時候我們可以選擇一些采用嚴緊控制的宿主菌株，比如帶有pLysS的菌株。另外一種原因就是很令人頭疼的了，當我們發現出現大面積搖瓶中細菌量逐漸降低甚至培養基回復到澄清狀態，就應該懷疑噬菌體污染的可能性了。